Indemnités en cas de retrait des jours d'arrêt maladie d'une fiche de paie

Bonjour, je suis négociatrice immobilier, vrp exclusif depuis le 01/02/2018 au sens des dispositions des articles L.7311-1 et suivants du Code du travail, de la Convention collective de l'immobilier et notamment de ses avenant n°31 et 33 en date du 15 juin 2006. En date du 28/08/2020 au 07/09/2020 j'ai été en arrêt de travail et j'ai transmis cet arrêt le 29/08/2020 à mon employeur. A mon retour, j'ai constaté sur mes fiches de payes que mon employeur ma prélevé les absences pour arrêt et du coup 1203.83 euro ( qu'il avait calculé sur le prorata de mes salaires pour avoir un taux horaires depuis janvier 2020 selon son explication) sur les mois de aout et septembre sachant que j'étais payé à la commission ces mois là. Il est noté sur mon contrat " En cas d'indisponibilité dûment justifiée et sous réserve de prise en charge par la sécurité social, les parties conviennent, par l'application de l'article 37.2, que le négociateur bénéficiera: d'un maintien de salaire dans les conditions définies par l'article 37.2 et dans les limites du plafond de la sécurité social et celles prévue aux articles 24 et 25 de la convention collective nationale de l'immobilier et du règlement des seuls commissions échues. Le négociateur bénéficiera du maintien de salaire pendant 30 jours après 1 an de présence dans l'entreprise, 90 jours après 3 ans de présence dans l'entreprise, etc... Lors de chaque arrêt de travail, les périodes d'indemnisation commenceront à courir à compter du 1er jour d'absence. Pour le calcule des indemnités dues au titre d'une période de paie, il sera tenu compte des indemnités déjà perçues par le négociateur pendant les douze derniers mois précédents de sorte que, si plusieurs absence pour maladie ou accident ont été indemnisées au cours de ces douze mois, la durée totale d'indemnisation ne dépasse pas celle applicapable en vertu des alinéas précédents. Les garanties précisées ci-avant s'entendent déduction faite des allocations que le négociateur perçoit de la sécurité sociale et des régimes complémentaires de prévoyance alimentés par les cotisations patronales, l'employeur étant subrogé dans les droit du négociateur auprès de ces organismes." De plus, il est également noté " Le temps de travail du salarié-négociateur immobilier n'étant pas contrôlable, il ne peut dès lors relever de la règlementation de la durée de travail." Est-ce normal que mon employeur est retiré sur mes fiches de payes mes absences dù à mon arrêt ? Me doit-il des indemnités ? Et en cas d'absence peut-il me retiré ces journées sur mes fiches de payes au vu de tout ses éléments ? Merci à vous.